Risc epidemiològic i velocitat reproductiva efectiva

Confinament, desescalada, ERTO, respiradors, PCR, Covid-19, epidemiologia, coronavirus, R₀, Oriol Mitjà, Fernando Simón, el programa Go.Data, MoMo, ISCIII, hidroxicloroquina, mascaretes ffp2, aplanar la corba, escala logarítmica... són només algunes de les paraules, noms i conceptes que han aparegut, dia sí i dia també, durant els 97 dies que portem d’estat d’alarma. La majoria d’aquestes paraules possiblement les oblidarem, o amb una mica de sort quedaran aparcades en un raconet del nostre cervell per tal de no molestar l’allau de noves paraules que encara han de venir. D’altres, unes poques, romandran en el nostre vocabulari per sempre més, i d’algunes fins i tot en farem refranys que utilitzaran els nostres fills o nets.

Al Perfil de la Ciutat la crisi socio-sanitària de la Covid-19 també ha estat trending topic, seguint l’estela dels mitjans de comunicació, on el coronavirus acaparava les portades de tots els diaris i les obertures dels telenotícies. Així, els darrers cinc articles publicats (sis si contem aquest article) en el bloc del Perfil de la Ciutat estan vinculats amb la crisi sanitària de la Covid-19; quatre de les sis notícies que apareixen a l’apartat Destaquem del web del Perfil de la Ciutat tenen a veure amb la Covid-19 i les repercussions que aquest coronavirus ha tingut en la societat. Crec que mai abans en la història del Perfil de la Ciutat s’havia donat una coincidència en el temps com aquesta, a l’hora de tractar un tema en el web del Perfil de la Ciutat.

És poden parlar de moltíssimes coses que s’han produït arran del coronavirus, però l’objectiu que ens vam fixar en aquest bloc és parlar de dades i d’informació a nivell municipal (tot i que no sempre ho complim), i això és el que tracta aquest article, de les dades de la Covid-19 i de la visualització d’aquestes.

En primer lloc, he de dir que entenc perfectament totes les crítiques que s’han fet sobre les dades d’infectats i de morts per Covid-19, jo mateix n’he fet. No quadren les dades que ofereix el govern espanyol sobre Catalunya de les dades que publica el govern català, tant d’infectats com de defuncions per Covid-19. El govern espanyol publica diàriament els fitxers de casos de Covid-19, per deixar-los de publicar a mitjans de maig, per al juny tornar-los a publicar. A Catalunya no hem estat “mancos”, al portal de dades obertes de la Generalitat de Catalunya, el fitxer que conté les dades de casos diagnosticats de Covid-19 a nivell municipal (que és el que jo he estat consultant) ha patit diverses modificacions del contingut del fitxer (seria molt complicat avisar dels canvis en el fitxer i els motius dels canvis?).

Però malgrat tota la problemàtica que ha hagut amb les dades, personalment, puc entendre aquest desgavell informatiu. No s’estava preparat per una situació com aquesta, i entenc que el sistema de recollida d’informació no estava preparat. És com quan es dissenya un programa i aquest s’implementa en una organització, sempre hi ha bugs que cal solucionar. Em costaria molt més d’entendre que es tornés a caure en els mateixos errors en el cas que es produís un rebrot de la Covid-19, o si hi hagués una altra epidèmia d’un altre virus. Per mi l’important d’aquesta situació és que n’aprenguem, com van fer els coreans amb el virus del SARS del 2003 o la grip A al 2009, que van aprendre com fer front a una epidèmia i ho han demostrat amb la Covid-19.

Una altra cosa bona és la ràpida aparició de noves dades, com per exemple les relacionades amb la mobilitat de Google o Apple, o les de les tres principals operadores de telefonia mòbil que l’INE ha mostrat a través de gràfics i mapes, i que finalment ha fet accessible al públic a través de fitxers. 

Tot i la dificultat i problemàtica de les dades s’han fet, i s'estan fent, coses bones, o almenys que a mi m’han semblat bones. En aquest article replicaré dues de les visualitzacions sobre l'estat de la pandèmica que més m'han agradat: les que han fet a El País i les que han fet al grup de Biologia Computacional i Sistemes Complexos de la UPC.

Els periodistes de dades Kiko Llaneras (@kikollan), Borja Andrino (@borjandrinot) i Daniele Grasso (@danielegrasso) de El País van fer un dels meus articles preferits és "¿Estamos listos para la vida normal? Así evoluciona la nueva curva de actividad y contagios", on fan gràfics a nivell de comunitat autònoma i de província de l’evolució de la taxa de reproducció del virus i l’evolució de la mobilitat de la població. Donat que tenim les dades de contagis de Covid-19 a nivell municipal a través del portal de dades obertes de la Generalitat de Catalunya, i l’INE ens proporciona les dades de mobilitat (gràcies Marc Armengol), perquè no fer els mateixos gràfics pels municipis del Perfil de la Ciutat? Els gràfics, com no podria ser d’una altra manera, els he fet amb R.

Evolució de la taxa de reproducció efectiva del Covid-19 i de la mobilitat
Badalona	Barberà del Vallès	Cerdanyola del Vallès	Granollers	Manresa	Mataró	Mollet del Vallès
El Prat de Llobregat	Sabadell	Sant Feliu de Llobregat	Santa Coloma de Gramenet	Terrassa	Vic	Viladecans

 

Un altre lloc on m’agrada el que estant fent amb les dades és a la Universitat Politècnica de Catalunya, en concret al grup de Biologia Computacional i Sistemes Complexos (@biocomsc1). Fan uns documents informatius molt interessants, i uns informes quasi diaris (a l’inici de la pandèmia eren diaris) molt complets. El que més m'ha cridat l'atenció ha estat el mètode d’avaluació del risc epidemiològic, ja que des d'aquest grup de recerca opinen que la velocitat reproductiva efectiva “no és adequat en aquesta epidèmia on la dinàmica epidemiològica ve determinada per les mesures de control (confinament, tancament de regions, conscienciació de la població,...)”. El gràfic d'avaluació del risc epidemiològic que fan per províncies i per països és molt il·lustratiu en quina situació ens trobem, i a l’igual que he fet amb els gràfics d’evolució de la R(t) i la mobilitat, he reproduït els gràfics de risc epidemiològic dels municipis del Perfil de la Ciutat —evidentment també fets amb R—.

Gràfic del risc epidemiològic
Badalona	Barberà del Vallès	Cerdanyola del Vallès	Granollers	Manresa	Mataró	Mollet del Vallès
El Prat de Llobregat	Sabadell	Sant Feliu de Llobregat	Santa Coloma de Gramenet	Terrassa	Vic	Viladecans

 

Els gràfics de risc epidemiològic dels municipis de Barberà del Vallès, Manresa, Mollet del Vallès, El Prat de Llobregat i Santa Coloma de Gramenet no és possible mostrar-los perquè els pes dels arxius supera la mida que permet el web del Perfil de la Ciutat. Si algú està interessat en rebre els gràfics d'aquests municipis ha de contactar amb el Perfil de la Ciutat (perfilciutat@perfilciutat.net).